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Jusqu'à la fin du XIXe siècle, Alexandroupolis était un petit village de pêcheurs, même si à l'époque byzantine c'était une importante ville militaire. Après la chute de Constantinople en 1453, la ville a failli disparaître. Elle a été reconstruite par les Ottomans au 19ème siècle et a reçu le nom de Dedeagaç, et plus tard, pendant la guerre russo-turque (1877-1878), elle a été occupé par les Russes, qui ont reconstruit la ville, avec de petites rues étroites et sinueuses, comme la plupart des villages de l'époque. Pendant les guerres balkaniques, Alexandroupolis fut occupée par les Bulgares puis par les Grecs. Alexandroupolis a été restituée à la Bulgarie avant la Première Guerre mondiale, lorsque la Thrace a été cédée à la Grèce, bien que la Bulgarie ait pu l'utiliser comme port, car elle permettait un accès plus aisé à la Méditerranée que ses ports sur la mer Noire. Bien que les gens supposent probablement que le nom de la ville fait référence à Alexandre le Grand, en fait elle a été nommée ainsi par le roi Alexandre de Grèce qui l'a visitée en 1920. La ville est officiellement devenue grecque avec le traité de Lausanne en 1923, mais lorsque les nazis occupèrent la Grèce pendant la Seconde Guerre mondiale, elle fut rendue à la Bulgarie jusqu'à la défaite des puissances de l'Axe. Depuis, elle est redevenue grecque.