L’histoire de Kalymnos suit l'histoire des autres îles du Dodécanèse. L’île est habitée depuis l'époque pré-minoenne. Pendant la période archaïque, l’éloignement géographique entre le Dodécanèse et Athènes a permis à ces îles, Kalymnos comprise, de conserver leur l'autonomie et de s’affranchir de l’empire d'Athènes. Puis Kalymnos et les autres îles de l’archipel ont été intégrées à l’empire macédonien en plein essor. À la mort d'Alexandre le Grand, l'un de ses successeurs, Ptolémée Ier d'Égypte, a pris le contrôle de toutes les îles du Dodécanèse. Au début de la période byzantine, Kalymnos a prospéré ; à partir du 7ème siècle après J.-C. toutefois, les envahisseurs ont profité de sa position stratégique vulnérable. Au 14ème siècle, les Chevaliers Hospitaliers ont régné sur Kalymnos, comme sur tout le Dodécanèse, et ont construit le château de Chrysocheria sur l'île pour la protéger. En 1522, l'occupation Ottomane a suivi et s'est terminée en 1912, avec l'arrivée des Italiens. Lorsque les Italiens se sont rendus, les Allemands et les Anglais se sont battus pour prendre le contrôle des îles du Dodécanèse, causant de grands dégâts et engendrant beaucoup de souffrances pour la population. Kalymnos a rejoint le nouvel État grec avec le reste du Dodécanèse en 1947. Dans les années 1960, l'économie de Kalymnos, basée sur la pêche aux éponges, a progressivement commencé à décliner et nombre de ses habitants ont émigré.