La ville de La Canée est construite sur le site de l'ancienne Kydonia, l'une des villes les plus importantes de Crète selon Homère. Les vestiges architecturaux de la ville appartiennent à de grands bâtiments des années mycéniennes. À l'époque post-mycénienne, la ville est devenue prospère et l'est restée jusqu'à l'époque romaine, lorsque l'Auguste César déclara Kydonia ville indépendante. De nombreuses villes et temples anciens ont été construits dans la région, comme le temple d'Asclépios à Lissos. En 823 après JC, la ville fut cédée aux Sarrasins et en 828 après JC, fut détruite comme de nombreuses villes crétoises. En 961 après JC, les Byzantins ont reconstruit toute la ville en utilisant ce qu'ils ont retiré des ruines. Pour protéger la ville, ils construisirent une forteresse autour de la colline, connue sous le nom de Kastelli. En 1204, La Canée fut occupée par les Vénitiens qui fortifièrent la ville autour de la forteresse de Kastelli et restaurèrent la ville en ruine. Au cours de quatre siècles d'occupation, les Vénitiens ont construit une cathédrale catholique à l'intérieur du château et de nombreuses demeures élégantes. Le célèbre peintre Domenikos Theotokopoulos, également connu sous le nom d'El Greco, est né à cette époque. En 1645, la ville a été remise aux Turcs et elle a bien changé car toutes les églises catholiques ont été converties en mosquées. En 1913, la Crète a été rattachée au reste de la Grèce après de nombreux efforts d'Eleftherios Venizelos, gouverneur de Crète et plus tard premier ministre du pays.