Selon la mythologie grecque antique, Ikaria doit son nom à Icare, fils de Dédale, qui était l'architecte engagé par Minos pour construire le célèbre Labyrinthe du Minotaure. Parce que Dédale et Icare étaient les seuls à savoir comment s'échapper du Labyrinthe, Minos leur interdit de quitter la Crète, afin d'éviter qu’ils ne révèlent le secret des plans du Labyrinthe. Afin de pouvoir s’échapper de l’île, Dédale fabriqua alors des ailes de cire pour son fils et lui-même. Icare, ignorant les conseils de son père, s'approcha trop près du soleil, car il croyait pouvoir être aussi fort que les dieux et voler aussi haut qu'eux. Son orgueil extrême le rendit insouciant. Ses ailes fondirent et il est tomba alors dans la mer profonde qui entoure Ikaria, qui depuis porte son nom. Les découvertes archéologiques montrent que l'histoire d'Ikaria commence au 7ème millénaire avant JC, quand elle a été habitée pour la première fois. Au 6ème siècle avant JC, Ikaria dépendait de Samos, tandis qu'après la guerre perse, elle rejoignit l'alliance délienne et commença à prospérer, les guerres du Péloponnèse s'arrêtant pendant cette période de prospérité. Au 3ème siècle après JC, Ikaria passa sous le contrôle de l'Empire Byzantin. Après la chute de Byzance en 1204, Ikaria passa sous la domination de Constantinople, puis des Chevaliers de Saint-Jean. En 1521 l'île fut conquise par les Turcs. Ikaria a participé à la Révolution grecque de 1821 et a réussi à se détacher de l'Empire ottoman en 1827. Enfin, depuis le 4 novembre 1912, elle fait partie de la Grèce.