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Selon les fouilles archéologiques, on pense que Samos a été habitée pendant les années néolithiques, au 3ème millénaire avant J.-C. Les premiers colons de l'île étaient les Pélasges, les Phéniciens, les Lélèges et les Kares. Ces colons ont été remplacés par les Mycéniens. Samos est devenue une grande puissance au 6ème siècle avant JC. lorsqu'elle était gouvernée par le tyran Polycrate, qui transforma l'île en une immense puissance navale. Sous son règne, les arts et les sciences ont prospéré et le tunnel d'Eupalinus et le magnifique Heraeus ont été construits. L'histoire de Samos a été marquée par certaines personnalités célèbres, telles que l'astronome Aristarque, le premier à affirmer que le soleil était le centre de l'univers, le philosophe Epicure, le conteur Ésope et le célèbre mathématicien Pythagore. Lors de la bataille de Plataea (479 avant JC), les Samiens ont aidé Athènes à gagner, puis se sont alliés avec elle et sont revenus à la démocratie. Samos a également pris part à la bataille de Mykalis et avec le reste de la marine grecque a vaincu la flotte perse. Pendant les guerres du Péloponnèse, l'île a été occupée par les Spartiates. Elle passa ensuite sous la domination des Romains, des Vénitiens et des Génois. En 1453, Samos passa sous la domination des Turcs. Les insulaires ont joué un rôle important lors de la Révolution grecque contre le joug turc au début des années 1820. Mais les grandes puissances ont rendu l'île aux Turcs en 1830, la rendant semi-autonome et gouvernée par un prince chrétien. Samos a finalement été réunie avec le reste de la Grèce en 1912, après les guerres des Balkans. Aujourd'hui, son économie est basée sur le tourisme, l'agriculture et la pêche.