Si ritiene che Skiathos abbia preso il nome dai Pelasgi, i primi abitanti dell'isola, che rimasero colpiti dall'ombra che ricopriva l'isola. Successivamente Skiathos fu abitata da Cretesi e Micenei, mentre nel VII e VI secolo aC gli abitanti di Chalkida, Evia, colonizzarono Skiathos e crearono la prima città fortificata dell'isola. Durante le guerre persiane, Skiathos aiutò molto gli Ateniesi e il suo porto fu utilizzato come base della flotta. Dopo la guerra del Peloponneso, nel 404 aC, Skiathos divenne ufficialmente autonoma e indipendente. Ma gli anni di prosperità a Skiathos finirono quando gli Ateniesi la trasformarono in una base militare contro Filippo II di Macedonia. Quando i macedoni conquistarono Skiathos, portarono la tirannia sull'isola dove la democrazia tornò solo nel 341 a.C. Dopo la morte di Alessandro Magno, ci fu un susseguirsi di condottieri sia in Grecia che a Skiathos, durante questo periodo Skiathos soffrì un periodo di crisi. Nel 197 aC Skiathos riconquistò la sua democrazia. Nel 325 dC a Skiathos apparve il cristianesimo, mentre nel VII secolo i pirati saraceni distrussero l'isola. Nel 1204 i Crociati occuparono i territori dell'Impero Bizantino, le isole dell'Egeo e Skiathos che venne data ai Veneziani. I veneziani costruirono un castello a Skiathos, oggi conosciuto come Bourtzi. Andando avanti veloce nella storia più recente, dopo la Rivoluzione Greca, la città del Castello (Κastro) fu abbandonata e gli abitanti si trasferirono al porto, dove costruirono una nuova città. Durante l'occupazione tedesca, la città di Skiathos subì gravi danni, iniziò nuovamente a svilupparsi economicamente e socialmente dopo le guerre.