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Secondo ricerche e scavi a Santorini, la prima presenza umana sull'isola risale al periodo neolitico. Le scoperte fatte in una città sepolta vicino ad Akrotiri e alla famosa Spiaggia Rossa hanno rivelato l'esistenza di un'antica colonia minoica, che ricorda molto le città trovate a Creta. Anticamente l'isola di Santorini era conosciuta come Strongili. Nel 1500 a.C. Strongili subì un'enorme esplosione vulcanica, che sommerse il centro di Santorini, mentre i numerosi terremoti successivi distrussero gran parte del resto dell'isola. Secondo la storia, i Fenici si stabilirono nell'antica Thera intorno al 1300 a.C. e vi rimasero per cinque generazioni. In seguito, intorno al 1100 a.C., l'isola fu occupata dai Lacedemoni. Nel VII e VI secolo a.C. Thera intrattenne relazioni commerciali con la maggior parte delle isole e delle città della Grecia, mentre durante il periodo ellenistico divenne un importante centro commerciale e base navale, grazie alla sua perfetta posizione strategica. L'isola fu sotto il dominio bizantino dal 1200 al 1579 d.C., e nel 1204 d.C. fu ceduta al veneziano Marco I Sanudo di Venezia e divenne parte del Ducato dell’Egeo.I Veneziani la chiamarono successivamente Sant’Irene per la presenza sull’isola di una cappella dedicata alla Santa. In seguito, durante l’occupazione turca, Santorini raggiunse uno sviluppo commerciale, ma a causa delle guerre, la sua economia andò in declino e i residenti abbandonarono l'isola dopo il devastante terremoto del 1956. Lo sviluppo turistico dell'isola iniziò negli anni '70, ed è attualmente una delle destinazioni più popolari in tutto il mondo.