Mykonos deve il suo nome al figlio del re di Delos. Infatti, nell'antichità, la storia di Mykonos era collegata a quella di Delos. In verità si sa poco dei tempi antichi di Mykonos. Dagli scavi nell'antica zona di Ftelia sappiamo che i primi abitanti dell'isola furono i Kares, poi i Fenici, gli Egiziani, i Minoici e gli Ioni. L'antica Mykonos sviluppò una grande civiltà e infatti fu scoperta l'anfora più antica di tutti i tempi, conosciuta anche come Pithos di Mykonos. Nel 1207 Mykonos passò sotto il dominio veneziano. La dinastia Gizi prese il controllo dell'isola e costruì un castello per proteggerla. Un secolo dopo, Giorgio Gizi, l'ultimo governatore veneziano, cedette l'isola di Mykonos a Venezia. Nel 1537 Mykonos passò sotto il dominio dei Turchi. Poiché gli abitanti dell'isola erano grandi marinai, fornirono un'assistenza significativa nella Guerra d'Indipendenza, offrendo 22 navi, 500 membri dell'equipaggio e 140 cannoni alla Rivoluzione greca. L'eroica figura rivoluzionaria di Mykonos, Manto Mavrogenous, finanziò la Rivoluzione, aiutò a organizzare battaglie, partecipò alla Filiki Eteria e riuscì a organizzare le truppe per ribellarsi contro i Turchi nel 1822. Dopo l'indipendenza greca, l'economia dell'isola fu completamente distrutta. Successivamente, Mykonos è riuscita a rafforzare il suo potere commerciale attraverso l'industria tessile. In effetti, i tessuti di Mykonos erano di così alta qualità che venivano commerciati in tutta la Grecia e all'estero. Il turismo a Mykonos iniziò a fiorire all'inizio degli anni '60, quando divenne il rifugio preferito dagli artisti e successivamente dagli hippy. Il sito archeologico di Delos è diventato una grande attrazione e oggi Mykonos è diventata una delle principali destinazioni turistiche del mondo.