Secondo l'antica mitologia greca, Ikaria deve il suo nome a Icaro, figlio di Dedalo, che fu l'architetto assunto da Minosse per costruire il famoso Labirinto del Minotauro. Poiché Dedalo e Icaro erano gli unici a sapere come sfuggire al Labirinto, Minosse proibì loro di lasciare Creta, per evitare la propagazione dei piani del Labirinto. Dedalo creò -secondo la mitologia - piume di cera per lui e suo figlio per volare via dall'isola. Icaro, ignorando il consiglio di suo padre, fuggì ma si avvicinò troppo l sole, perché credeva di poter essere forte come gli dei e volare in alto come loro. Il suo estremo orgoglio lo rese sbadato e si avvicinò molto al sole, le sue ali si sciolsero e precipitò nel profondo mare che circonda Ikaria, da cui poi prese il nome. I ritrovamenti archeologici mostrano che la storia di Ikaria inizia nel VII millennio aC, quando fu abitata per la prima volta. Nel VI secolo aC, Ikaria dipendeva da Samos, mentre dopo la guerra persiana si unì all'Alleanza di Delo e iniziò a prosperare, con la fine delle guerre del Peloponneso durante questo periodo di prosperità. Nel 3° secolo d.C., Ikaria passò sotto il controllo dell'Impero Bizantino. Dopo la caduta di Bisanzio nel 1204, Ikaria andò sotto Constantinopoli per poi passare sotto il dominio dei Cavalieri di San Giovanni mentre nel 1521 l'isola fu conquistata dai Turchi. Ikaria partecipò alla rivoluzione greca del 1821 e riuscì a staccarsi dall'impero ottomano nel 1827. Infine, il 4 novembre 1912, si unì al resto della Grecia.