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L'antica storia di Heraklion è fortemente legata al palazzo minoico di Cnosso. Gli storici antichi, come Strabone, si riferiscono a Heraklion come il porto di Cnosso, il centro della civiltà minoica. Questo periodo raggiunse il suo apice dal XVI al XIV secolo a.C. e gli scavi hanno rivelato una società ricca che basava la sua economia sull'agricoltura e sul commercio. Questa civiltà fu distrutta intorno al 1500 a.C., quando l'esplosione del vulcano di Santorini sollevò uno tsunami in tutto il Mar Egeo e ricoprì queste città di cenere vulcanica. I secoli che seguirono, dal IX al XIII secolo, non furono particolarmente prosperi per Creta. Una certa crescita ebbe luogo durante l'era dell'Impero Romano, ma in seguito Creta fu spesso attaccata da pirati ed eserciti ostili. Nel 14° secolo, la città di Heraklion fu ceduta ai Veneziani, che governarono Creta per quattro secoli. Questo fu il periodo più fiorente per Heraklion, con un grande livello di crescita nei campi dell'arte, del commercio, dell'architettura e della letteratura. Dopo essere stati assediati dai Turchi per 25 anni, i Veneziani furono costretti ad abbandonare la città. I Cretesi combatterono contro i Turchi per molti secoli e nel 1898 l'isola ottenne l'indipendenza. Alla fine si unì al resto della Grecia nel 1913. Nel 1941 Heraklion fu attaccata ancora una volta, questa volta dall'esercito tedesco, provocando devastazione e ingenti danni. Oggi molti monumenti veneziani sopravvivono in città, come le antiche fortificazioni, l'iconica fortezza, le fontane e molte opere d'arte in stile europeo.