La città di Chania è stata costruita nel luogo dell'antica Kydonia, che, secondo Omero, era una delle principali città di Creta. I resti architettonici sopravvissuti della città appartengono ad edifici di epoca micenea di grandi dimensioni. Durante il periodo post-miceneo, la città fiorì e tale rimase fino all'epoca romana, quando Augusto Cesare assegnò a Kydonia lo status di città indipendente. Molte città e templi antichi furono costruiti nella zona, come il tempio di Asclepio a Lissos. Nell'823 dC la città fu ceduta ai Saraceni e nell'828 dC fu distrutta come molte città cretesi. Nel 961 d.C. i Bizantini la ricostruirono interamente, utilizzando tutto il materiale rimasto dalle rovine. Per proteggere la città, costruirono una fortezza intorno alla collina conosciuta come Kastelli. Nel 1204 d.C. Chania fu conquistata dai Veneziani, che fortificarono la città intorno alla fortezza di Kastelli e restaurarono la città devastata. Nei quattro secoli successivi, i Veneziani costruirono la loro Cattedrale Cattolica all'interno del castello e molti palazzi signorili. In quel periodo nacque il famoso pittore Domenikos Theotokopoulos, noto anche come El Greco. Nel 1645 la città fu ceduta ai Turchi e la costruzione della città cambiò poiché tutte le chiese cattoliche furono convertite in moschee. Nel 1913 Creta fu riunita al resto della Grecia dopo molti sforzi da parte di Eleftherios Venizelos, governatore di Creta e poi primo ministro del paese.