Η Σητεία πήρε το όνομά της από την αρχαία πόλη Ητιά ή Οίτη που βρισκόταν λίγο ανατολικά της σημερινής πόλης. Η Ητία κατοικήθηκε από την εποχή του Χαλκού και γνώρισε μεγάλη ακμή κατά τον 2ο αιώνα μ.Χ. Λέγεται μάλιστα ότι είναι η πατρίδα του Μύσωνα, ενός εκ των επτά σοφών της αρχαιότητας. Στην πόλη κατοικούσαν οι Ετεοκρήτες, ή αλλιώς οι «παλιοί» Κρήτες. Αυτοί ήταν οι Μινωίτες που διέφυγαν στις ορεινές και απομακρυσμένες περιοχές της Κρήτης, μετά την πτώση του μινωικού πολιτισμού και την κατάληψη του νησιού από τους Δωριείς. Ωστόσο, η ανάπτυξή της Σητείας οφείλεται στους Πραισιανούς, από την αρχαία πόλη της Πραισού, που κατέφυγαν εκεί μετά την καταστροφή της από την Ιεράπετρα. Κατά τα πρώτα βυζαντινά χρόνια η πόλη μεταφέρθηκε στη σημερινή της θέση και το λιμάνι της Σητείας γνώρισε σημαντική εμπορική δραστηριότητα. Στα χρόνια της Ενετοκρατίας, χτίστηκαν επίσης διάφορα κάστρα και φρούρια. Η Σητεία υπέστη τεράστιες ζημιές κατά τον σεισμό του 1508 και τριάντα χρόνια αργότερα, το 1538, καταστράφηκε ολοσχερώς από τους πειρατές του Μπαρμπαρόσα. Τελικά, το 1651, οι κάτοικοί της την εγκατέλειψαν και οι Ενετοί κατέστρεψαν τα τείχη και τα σημαντικότερα κτίρια για να μην παραδοθούν στους Τούρκους. Η πόλη ξαναχτίστηκε το 1870 από τον Χουσεΐν Αβνί Πασά, ο οποίος μετέφερε την πρωτεύουσα της επαρχίας του στη Σητεία και τη μετονόμασε σε «Αβνιέ» προς τιμήν του. Οι ντόπιοι όμως συνέχισαν να την αποκαλούν Σητεία και έτσι το όνομα παρέμεινε μέχρι σήμερα. Όσον αφορά στη σύγχρονη ιστορία της, η Σητεία καταλήφθηκε το 1941 από τους Ιταλούς που παρέμειναν στην πόλη μέχρι την άφιξη του γερμανικού στρατού. Ο λαός της Σητείας είχε ενεργό ρόλο στην αντίσταση κατά των Γερμανών κατακτητών.
