Η αρχαία ιστορία του Ηρακλείου συνδέεται έντονα με το Μινωικό Ανάκτορο της Κνωσού . Οι αρχαίοι ιστορικοί όπως ο Στράβων αναφέρουν το Ηράκλειο ως το λιμάνι της Κνωσού, το κέντρο του μινωικού πολιτισμού. Αυτή η περίοδος έφτασε στο απόγειό της από το 16ο έως το 14ο αιώνα π.Χ. και οι ανασκαφές αποκάλυψαν μια κοινωνία πλούτου που στήριζε την οικονομία της στη γεωργία και το εμπόριο. Αυτός ο πολιτισμός καταστράφηκε περίπου το 1.500 π.Χ. όταν η ηφαιστειακή έκρηξη της Σαντορίνης σήκωσε κύματα τσουνάμι στο Αιγαίο και κάλυψε αυτές τις πόλεις με ηφαιστειακή τέφρα. Οι αιώνες που ακολούθησαν, από τον 9ο έως το13ο, δεν ήταν ιδιαίτερα ακμαίοι για την Κρήτη. Μόνο στους Ρωμαϊκούς χρόνους υπήρξε κάποια ανάπτυξη, όμως στη συνέχεια η Κρήτη δέχτηκε συχνά επιδρομές από πειρατές και εχθρούς. Το 14ο αιώνα, η πόλη του Ηρακλείου παραδόθηκε στους Ενετούς, οι οποίοι κυβέρνησαν την Κρήτη για τέσσερις αιώνες. Αυτή ήταν η πιο ακμάζουσα περίοδος για το Ηράκλειο με μεγάλη ανάπτυξη στις τέχνες, το εμπόριο, την αρχιτεκτονική και τη λογοτεχνία. Μετά την πολιορκία των Τούρκων για 25 χρόνια, οι Ενετοί αναγκάστηκαν να εγκαταλείψουν την πόλη. Οι Κρήτες πολέμησαν εναντίον των Τούρκων για πολλούς αιώνες που ακολούθησαν και το 1898 το νησί απέκτησε την αυτονομία του. Τελικά ενώθηκε με την υπόλοιπη Ελλάδα το 1913. Το 1941, το Ηράκλειο δέχτηκε πάλι επίθεση, αυτή τη φορά από τις γερμανικές δυνάμεις, με αποτέλεσμα πολλές καταστροφές και μεγάλες ζημιές. Σήμερα, μια πληθώρα ενετικών μνημείων σώζεται ακόμα στην πόλη, όπως τα παλιά αμυντικά τείχη που είναι χτισμένα γύρω από το Ηράκλειο, το εμβληματικό φρούριο, τα σιντριβάνια και άλλα έργα τέχνης ευρωπαϊκού χαρακτήρα.
