Η πόλη των Χανίων είναι χτισμένη στη θέση της αρχαίας Κυδωνίας, μιας από τις σημαντικότερες πόλεις της Κρήτης κατά τον Όμηρο. Τα σωζόμενα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα της πόλης ανήκουν σε κτίρια μεγάλου μεγέθους των μυκηναϊκών χρόνων. Κατά τους μεταμυκηναϊκούς χρόνους, η πόλη γνώρισε μεγάλη άνθηση και παρέμεινε τέτοια μέχρι τη ρωμαϊκή εποχή, όταν ο Αύγουστος Καίσαρας ανακήρυξε την Κυδωνία ανεξάρτητη πόλη. Στην περιοχή είχαν κατασκευαστεί πολλές αρχαίες πόλεις και ναοί, όπως ο ναός του Ασκληπιού στη Λισσό. Το 823 μ.Χ., η πόλη παραδόθηκε στους Σαρακηνούς και το 828 μ.Χ., καταστράφηκε όπως πολλές Kρητικές πόλεις. Το 961 μ.Χ., οι Βυζαντινοί ξαναέχτισαν ολόκληρη την πόλη χρησιμοποιώντας όλο το αναλώσιμο υλικό που είχε απομείνει από τα ερείπια. Για να προστατεύσουν την πόλη, έχτισαν ένα φρούριο γύρω από τον λόφο, γνωστό ως Καστέλι. Το 1204 μ.Χ. τα Χανιά καταλήφθηκαν από τους Ενετούς που οχύρωσαν την πόλη γύρω από το φρούριο Καστέλι και αποκατέστησαν την ερειπωμένη πόλη. Κατά τη διάρκεια της παρουσίας των τεσσάρων αιώνων, οι Ενετοί έχτισαν τον καθολικό τους καθεδρικό ναό μέσα στο κάστρο και πολλά κομψά αρχοντικά. Την εποχή εκείνη γεννήθηκε ο διάσημος ζωγράφος Δομήνικος Θεοτοκόπουλος, γνωστός και ως Ελ Γκρέκο. Το 1645 η πόλη παραδόθηκε στους Τούρκους και η κατασκευή της πόλης άλλαξε καθώς όλες οι καθολικές εκκλησίες μετατράπηκαν σε τζαμιά. Το 1913 η Κρήτη επανενώθηκε με την υπόλοιπη Ελλάδα μετά από πολλές προσπάθειες του Ελευθέριου Βενιζέλου, κυβερνήτη Κρήτης και αργότερα πρωθυπουργού της χώρας.
