Σύμφωνα με την ελληνική μυθολογία, η Αστυπάλαια και η Ευρώπη ήταν κόρες του Φοίνικου και του Περιμίδη. Το νησί της Αστυπάλαιας φαίνεται να κατοικήθηκε για πρώτη φορά τη 2η χιλιετία π.Χ. από τους Καραίους, οι οποίοι κατάγονταν από την αρχαία περιοχή της Καρίας στην Ανατολία (σημερινή Τουρκία). Ακολούθησαν οι Μινωίτες της Κρήτης. Η Αστυπάλαια φαίνεται ότι ήταν ένας πλούσιος τόπος κατά τους κλασικούς χρόνους, όπως φαίνεται από τον υψηλό ετήσιο φόρο που πλήρωναν στην Αθήνα. Εκείνη την εποχή υπήρχαν πολλοί ναοί στο νησί, ένα ακόμη σύμβολο ευημερίας. Τα φρούτα και τα λουλούδια κάλυπταν σχεδόν όλο το νησί, γι' αυτό οι αρχαίοι Έλληνες το αποκαλούσαν Τραπέζι των Θεών. Κατά την ελληνιστική περίοδο (4ος-1ος αιώνας π.Χ.), η Αστυπάλαια ήταν σημαντική ναυτική βάση του Πτολεμαίου της Αιγύπτου και παρέμεινε ως τέτοια μέχρι τη Ρωμαϊκή περίοδο, ενώ τα φυσικά πλεονεκτήματα του νησιού παρείχαν ένα εξαιρετικό σημείο για τις αποστολές του αριστοκρατικού ναυτικού κατά οι πειρατές της Μεσογείου. Κατά τα βυζαντινά χρόνια, (4ος - 13ος αιώνας π.Χ.) οι συνεχείς επιθέσεις των πειρατών ανάγκασαν τους κατοίκους να εγκαταλείψουν τα σπίτια τους στην ακτή και να δημιουργήσουν νέους οικισμούς στο εσωτερικό του νησιού με προστασία τα ισχυρά τείχη. Την εποχή εκείνη χτίστηκε και το κάστρο του Αγίου Ιωάννη. Οι Ενετοί κατέλαβαν το νησί της Αστυπάλαιας από το 1207 έως το 1269, οπότε και παραδόθηκε ξανά στους Βυζαντινούς. Μετά την Τέταρτη Σταυροφορία που σχεδόν κατέστρεψε την Κωνσταντινούπολη, η κυριαρχία της Αστυπάλαιας πέρασε στην ευγενή οικογένεια Querini της Βενετίας που έχτισε το σημαντικότερο μνημείο αυτού του νησιού. Η οικογένεια του John Querini κυβέρνησε το νησί της Αστυπάλαιας για 300 χρόνια και έχτισε αρκετές οχυρώσεις. Οι Ενετοί έχασαν το νησί από τους Τούρκους το 1537. Η περίοδος 1537-1912 ήταν κορύφωση για την ιστορία της Αστυπάλαιας , καθώς το νησί απολάμβανε ορισμένα προνόμια που πρόσφεραν την αυτονομία τους στους κατοίκους. Το νησί συμμετείχε στην ελληνική επανάσταση το 1821 αλλά ήταν ακόμα υπό την τουρκική κυριαρχία. Μετά την κατάληψή του από τους Γερμανούς και τους Ιταλούς, το 1948 εντάχθηκε στο Ελληνικό Κράτος.
