Der antiken griechischen Mythologie zufolge verdankt Ikaria ihren Namen Ikarus, dem Sohn von Dädalus, der als Architekt von Minos beauftragt wurde, das berühmte Labyrinth des Minotaurus zu bauen. Da Dädalus und Ikarus die einzigen waren, die wussten, wie sie aus dem Labyrinth entkommen konnten, verbot Minos ihnen, Kreta zu verlassen, um die Verbreitung der Pläne des Labyrinths zu vermeiden. Daraufhin schuf Dädalus Wachsflügel für ihn und seinen Sohn, um von der Insel wegzufliegen. Ikarus ignorierte den Rat seines Vaters und flog der Sonne zu nahe, weil er glaubte, so stark wie die Götter zu sein und so hoch wie sie fliegen zu können. Sein extremer Stolz machte ihn unvorsichtig und er kam der Sonne zu nahe, seine Flügel schmolzen und er stürzte in die tiefe See um Ikaria, die dann nach ihm benannt wurde. Die archäologischen Funde zeigen, dass die Geschichte von Ikaria im 7. Jahrtausend v.Chr. beginnt, als es zum ersten Mal bewohnt wurde. Im 6. Jahrhundert v.Chr. war Ikaria von Samos abhängig, während sie sich nach dem Perserkrieg dem Delischen Bund anschloss und aufblühte, wobei die Peloponnesischen Kriege diese Blütezeit beendeten. Im 3. Jahrhundert n.Chr. kam Ikaria unter die Kontrolle des Byzantinischen Reiches. Nach dem Fall von Byzanz im Jahr 1204 geriet Ikaria unter die Herrschaft von Konstantinopel, danach unter die Herrschaft der Johanniterritter und 1521 wurde die Insel von den Türken erobert. Ikaria nahm an der griechischen Revolution von 1821 teil und konnte sich 1827 vom Osmanischen Reich abspalten. Am 4. November 1912 schloss sie sich schließlich dem Rest Griechenlands an.