Es wird angenommen, dass Skiathos seinen Namen von den Pelasgern, den ersten Bewohnern der Insel erhielt, die von dem Schatten [Gr.: Skiá] beeindruckt waren, der die Insel bedeckte. Danach wurde Skiathos von Kretern und Mykenern besiedelt, während im 7. und 6. Jahrhundert v.Chr. die Bewohner von Chalkida in Euböa Skiathos kolonisierten und die erste befestigte Stadt der Insel gründeten. Während der Perserkriege war die Insel den Athenern eine große Hilfe und ihr Hafen wurde als Flottenstützpunkt genutzt. Nach dem Peloponnesischen Krieg wurde Skiathos 404 v.Chr. offiziell autonom und unabhängig. Aber die Jahre des Wohlstands in Skiathos endeten, als die Athener es in eine Militärbasis gegen Philipp II. von Mazedonien verwandelten. Als die Mazedonier Skiathos besetzten, brachten sie die Tyrannei auf die Insel und die Demokratie kehrte erst 341 v.Chr. zurück. Nach dem Tod von Alexander dem Großen folgten in ganz Griechenland und in Skiathos eine Reihe von Herrschern, unter denen die Skiaten sehr litten. Skiathos erlangte seine Demokratie im Jahr 197 v.Chr. zurück. Im Jahre 325 n.Chr. erschien das Christentum auf Skiathos, während im 7. Jahrhundert sarazenische Piraten die Insel zerstörten. 1204 eroberten die Kreuzfahrer die Gebiete des Byzantinischen Reiches sowie die Ägäischen Inseln und Skiathos, die sie den Venezianern übergaben. Die Venezianer bauten in Skiathos eine Burg, die heute als Bourtzi bekannt ist. Ein schneller Sprung in die jüngere Geschichte; Nach der griechischen Revolution wurde die Stadt Kastro verlassen und die Einheimischen zogen zum Hafen, wo sie eine neue Stadt erbauten. Während der deutschen Besatzung erlitt die Stadt Skiathos große Schäden, während sie sich nach dem Ende der Kriege nun wirtschaftlich und sozial zu entwickeln begann.