Die Stadt Chania wurde an der Stelle des antiken Kydonia erbaut, welches, laut Homer, eine der wichtigsten Städte Kretas bildete. Die erhaltenen architektonischen Überreste der Stadt gehören zu großen Gebäuden der mykenischen Zeit. Während der nachmykenischen Zeit blühte die Stadt auf und tat dies weiter bis zur Römerzeit, als Augustus Caesar Kydonia zu einer unabhängigen Stadt erklärte. Viele antike Städte und Tempel wurden in der Gegend gebaut, wie der Asklepios-Tempel in Lissos. 823 n.Chr. wurde die Stadt den Sarazenen übergeben und 828 n.Chr. wurde sie, wie viele andere kretische Städte, zerstört. Im Jahre 961 n.Chr. bauten die Byzantiner die gesamte Stadt wieder auf, wobei sie alle Baumaterialien verwendeten, die von den Ruinen übriggeblieben waren. Um die Stadt zu schützen, bauten sie um den Hügel herum eine Festung namens Kastelli. Im Jahr 1204 n.Chr. wurde Chania von den Venezianern besetzt, die die Stadt um die Festung von Kastelli herum befestigten und die zerstörte Stadt wiederherstellten. Während ihrer Anwesenheit über vier Jahrhunderte bauten die Venezianer ihre katholische Kathedrale im Inneren der Burg, zusammen mit vielen elegante Herrenhäusern. Der berühmte Maler Domenikos Theotokopoulos, auch bekannt als El Greco, wurde zu dieser Zeit geboren. 1645 wurde die Stadt an die Türken übergeben und der Bau der Stadt veränderte sich, als alle katholischen Kirchen zu Moscheen umgewandelt wurden. 1913 wurde Kreta nach vielen Bemühungen von Eleftherios Venizelos, dem Gouverneur von Kreta und späteren Premierminister des Landes, mit dem Rest Griechenlands wiedervereinigt.