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Gemäß Forschungen und Ausgrabungen auf Santorini stammt die erste menschliche Präsenz auf der Insel aus der Jungsteinzeit. Entdeckungen, die in einer Stadt in der Nähe von Akrotiri und dem berühmten Roten Strand gemacht wurden, zeigten die Existenz einer alten minoischen Kolonie, wobei die Stadt denen auf der Insel Kreta sehr ähnlich war. In der Antike war die Insel Santorini als Stroggili („Rund") bekannt. Im Jahr 1500 v. Chr. fiel Stroggili einem gewaltigen Vulkanausbruch zum Opfer, der das Zentrum von Santorini versenkte, während die vielen folgenden Erdbeben einen Großteil der restlichen Insel zerstörten. Der Geschichte nach ließen sich die Phönizier um 1.300 v. Chr. im antiken Thira nieder und blieben für fünf Generationen dort. Dann, um 1100 v. Chr., wurde die Insel von den Lakedaimoniern besetzt. Im 7. und 6. Jahrhundert v. Chr. hatte Thira Handelsbeziehungen mit den meisten Inseln und Städten Griechenlands und wurde während der hellenistischen Zeit aufgrund seiner perfekten strategischen Lage zu einem wichtigen Handelszentrum und Marinestützpunkt. Zwischen 1200 und 1579 n. Chr. stand die Insel unter byzantinischer Herrschaft und 1204 n. Chr. wurde sie dem Venezianer Marco Sanudo übergeben und wurde Teil des Herzogs der Ägäis. Sie wurde von den Venezianern zu Santa Irini, einer katholischen Kirche, umbenannt. Dann, während der türkischen Besatzung, erreichte Santorini einen kommerzielle Entwicklungsaufschwung, aber aufgrund der Kriege des 20. Jahrhunderts ging seine Wirtschaft zurück und die Einwohner verließen die Insel nach dem katastrophalen Erdbeben von 1956. Die touristische Entwicklung auf Santorini beginnt in den 1970er Jahren, während die Insel heutzutage, eines der beliebtesten Reiseziele der Welt ist.