Die Geschichte von Kalymnos verläuft parallel zur Geschichte der anderen Inseln des Dodekanes. Kalymnos ist seit der vorminoischen Zeit bewohnt. Während der archaischen Zeit verlieh die Entfernung des Dodekanes von Athen diesen Inseln, einschließlich Kalymnos, Autonomie und Freiheit vom kaiserlichen Athen. Mit dem Aufstieg des Mazedonischen Reiches schlossen sich Kalymnos sowie die anderen Inseln des Komplexes ihm an. Nach dem Tod von Alexander dem Großen übernahm einer seiner Nachfolger, Ptolemaios I. von Ägypten, die Kontrolle über alle Inseln des Dodekanes. Während der frühen byzantinischen Zeit blühte Kalymnos auf, aber ab dem 7. Jahrhundert n. Chr. nutzten zahlreiche Eindringlinge seine verletzliche strategische Position aus. Im 14. Jahrhundert regierten die Johanniter Kalymnos sowie die restlichen Inseln des Dodekanes und erbauten zum Schutz der Insel die Burg von Chrysocheria. 1522 folgte die türkische Herrschaft, die 1912 mit der Ankunft der Italiener endete. Als die Italiener kapitulierten, kämpften die Deutschen und die Briten um die Kontrolle über die Dodekanes-Inseln, was der Bevölkerung großen Schaden und Leid zufügte. Kalymnos schloss sich 1947, zusammen mit dem Rest des Dodekanes dem neu gegründeten griechischen Staat an. In den 1960er Jahren begann die auf dem Schwammtauchen basierende Wirtschaft von Kalymnos allmählich zu sinken und viele seiner Einwohner wanderten aus.